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中國科學(xué)院武漢病毒研究所始建于1956年，是專業(yè)從事病毒學(xué)基礎(chǔ)研究及相關(guān)技術(shù)創(chuàng)新的綜合性研究機(jī)構(gòu)，同時擁有中國唯一一個p4（生物安全最高等級）生物實(shí)驗室，入選中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程，為湖北省暨武漢微生物學(xué)會和中國免疫學(xué)會青年工作委員會的掛靠單位。

中國科學(xué)院武漢病毒研究所針對人口健康、農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展和國家與公共安全的戰(zhàn)略需求，依托高等級生物安全實(shí)驗室團(tuán)簇平臺，重點(diǎn)開展病毒學(xué)、農(nóng)業(yè)與環(huán)境微生物學(xué)及新興生物技術(shù)等方面的基礎(chǔ)和應(yīng)用基礎(chǔ)研究。

據(jù)2020年8月研究所官網(wǎng)顯示，研究所設(shè)有5個研究中心，共設(shè)有34個研究學(xué)科組；在讀研究生325人；在職職工268人；擁有2個博士后科研流動站，2個一級學(xué)科博士點(diǎn)，4個二級學(xué)科博士點(diǎn)（一級學(xué)科覆蓋），2個一級學(xué)科碩士點(diǎn)，4個二級學(xué)科碩士點(diǎn)（一級學(xué)科覆蓋），1個專業(yè)學(xué)位碩士點(diǎn)。

1956年，中國科學(xué)院武漢微生物研究室設(shè)立。

1961年11月，中國科學(xué)院武漢微生物研究室改名為中南微生物研究所。

1962年10月，中南微生物研究所改名為武漢微生物研究所。

1966年，中國科學(xué)院的地方分院撤消后歸屬湖北省領(lǐng)導(dǎo)。

1970年，改名為湖北微生物研究所。

1978年，科技大會前回歸中國科學(xué)院，改名為中國科學(xué)院武漢病毒研究所。

2002年，進(jìn)入中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程序列。

2003年，進(jìn)行一三五規(guī)劃。

2004年11月，經(jīng)國家科技部批準(zhǔn)立項建設(shè)病毒學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗室；實(shí)驗室主管部門為國家教育部，依托單位為武漢大學(xué)和中國科學(xué)院武漢病毒研究所。

2012年1月，研究所中國病毒資源中心獲得中國質(zhì)量認(rèn)證中心批準(zhǔn)，獲得了ISO9001：2008質(zhì)量管理體系認(rèn)證書、ISO14001：2004環(huán)境管理體系認(rèn)證證書、GB/T28001-2001職業(yè)健康安全管理體系認(rèn)證證書。 [7]  6月，中國科學(xué)院武漢病毒研究所鄭店科研園區(qū)動物實(shí)驗中心投入運(yùn)行。

2012年，成立武漢病毒所公共技術(shù)服務(wù)中心，由分析測試中心、BSL-3實(shí)驗室、實(shí)驗動物中心、放射性同位素實(shí)驗室、網(wǎng)絡(luò)信息中心組成。

2014年，開展大科學(xué)中心率先行動計劃。

2015年1月，中國首個生物安全防護(hù)等級最高的實(shí)驗室——中國科學(xué)院武漢國家生物安全實(shí)驗室（即武漢BSL-4實(shí)驗室）建成。  12月，被評為湖北省文明單位。

2018年1月，武漢國家生物安全四級實(shí)驗室（BSL-4實(shí)驗室）通過國家驗收。

2016年7月，武漢病毒所舉行病毒學(xué)與生物安全綜合實(shí)驗研究基地奠基儀式。